Археологическое изучение севера Западной Сибири начиналось как академическое. Позднее, с развитием работ уральских, тюменских и тобольских археологов на западносибирских новостройках, научная деятельность оказывается в зависимости от освоения нефтегазовых месторождений региона. Такая ситуация сохраняется по сей день, и тематика современных исследований определяется материалом, полученным в результате противоаварийных разведочных работ и раскопок. Однако вместе с социальным развитием региона проявляется и интерес к прошлому северных земель.
Одно из первых направлений научной деятельности коллектива «Северной археологии» — комплексное историческое изучение территорий, включающее выявление и анализ памятников археологии, культуры аборигенного населения, а также событий новейшего времени. Реализовано несколько таких проектов: «История Салымского края», «Река Балык», «Река Аган» и др.
В итоге стала очевидной недостаточность материалов стационарных раскопок значимых археологических памятников. Этим обусловлено основное направление деятельности организации.
Первые исследования городища Каюково 2 позволили выделить новую археологическую культуру раннего неолита. Именно начиная с этого периода север Западной Сибири становится постоянно населенным.
В дальнейшем исследования были сосредоточены на периоде позднего Средневековья и ранней Империи, связанном с историей современного населения региона. Начато систематическое изучение русских северных городов и острогов XVI—XVIII вв.: Мангазеи, Берёзова, Старотуруханска, Нижнеколымского и др. Параллельно ведутся раскопки таких поселений аборигенов, как Бухта Находка, Надымский, Полуйский городок и др.
Приоритетом в этих исследованиях стала их комплексность. Изучение архитектурного наследия, историко-архивные, этнологические и палеоэкологические исследования проводятся как часть комплексного изучения археологических памятников. Это позволяет всесторонне изучать состояние и взаимодействие культур разных народов, проживавших на одной территории длительное время.
