Стадухинское поселение основано в 1644 г. М. Стадухиным и Д. Зыряном во время похода на Колыму как ясачное зимовье и острог. В 1760-х гг. из-за наводнений его перенесли на левый берег Колымы, напротив устья Анюя, на место современного с. Нижнеколымска.
Сейчас Стадухинское поселение расположено к юго-западу от пос. Черского Нижнеколымского р-на республики Саха (Якутия), на правом берегу протоки Стадухинской, левого берега реки Колымы. Памятник датируется серединой XVII — серединой XVIII в.
Исследование острога в 1959 г. начала С. А. Федосеева, участница Юкагирской экспедиции АН СССР. Был снят план памятника, вскрыто захоронение и две постройки.
В 1989—1990 гг. острог изучен экспедицией Якутского государственного университета под руководством А. Н. Алексеева. Исследованы остатки четырех построек. Собрана богатая археологическая коллекция из нескольких тысяч находок, в том числе изделия из металлов, дерева, стекла, фарфора и фаянса, ткани, камня, кости, бересты.
В 2009 г. экспедиция «Северной археологии» под руководством Г. П. Визгалова совместно с сотрудниками ЯГУ возобновила исследования на собственные средства предприятия. В небольшом разведочном раскопе были расчищены остатки деревянного строения и глиняной печи. Собрана коллекция из 90 предметов и 200 костей, а также фрагменты китайского и японского фарфора, монеты XVII—XVIII вв., счетные жетоны XVIII в., фрагменты костюма, изделия из металла, деревянная посуда, предметы охотничьего и рыбного промысла.
Керамической посуды не найдено. Обнаружены каменные скребки для обработки шкур, принадлежавшие юкагирам, которые, вероятно, также жили в остроге. Анализ остеологической коллекции показал, что жители острога, помимо собак, очевидно транспортных, содержали коров.
Поселение отличается от известных русских поселений Северо-Западной Сибири и воплощает особый тип памятника и культуры.
Культурный слой памятника размывается Стадухинской протокой.
Этот острог — уникальный памятник истории и культуры русских периода освоения Колымы и севера Якутии.